Nguyên nhân do Chủ đầu tư chưa phối hợp tốt với Ban Bồi thường Giải phóng mặt bằng quận 12 và các đơn vị có liên quan trong công tác đền bù giải tỏa; chậm triển khai các bước thủ tục. Bên cạnh đó, đơn vị tư vấn lập dự án  đã không tham khảo đầy đủ về số liệu đền bù giải tỏa, tính toán kinh phí đền bù không sát thực tế. Từ đó, dẫn đến tổng mức đầu tư cho dự án tăng quá cao so với ban đầu, gấp 5 lần so với quyết định đầu tư được duyệt, trong đó chi phí đền bù giải tỏa tăng gấp 10 lần (từ 20 tỳ lên 219 tỷ đồng), khiến dự án không khả thi.