Mục tiêu quy hoạch nhằm làm cơ sở để đầu tư xây dựng và phát triển hệ thống mạng lưới đường thủy và cảng – bến khu vực TP HCM một cách hợp lý và đồng bộ, có quy mô phù hợp với từng khu vực, hình thành những trung tâm kết nối giữa vận tải thủy nội địa với các phương thức vận tải khác. Tạo điều kiện thuận lợi trong công tác quản lý nhà nước về quy hoạch ngành và quy hoạch xây dựng các công trình trong phạm vi có liên quan đến bờ và lòng sông, kênh, rạch TP.HCM. Đồng thời làm cơ sở khuyến khích đầu tư và phát triển các công trình liên quan trực tiếp đến hệ thống sông, kênh, rạch, phát triển năng lực giao thông vận tải đường thủy, hỗ trợ hữu hiệu cho vận tải đường bộ và phục vụ vận tải đường biển. Góp phần phát triển kinh tế xã hội và cải tạo cảnh quan môi trường đô thị của thành phố.

Quy hoạch mạng lưới giao thông thủy thành phố được quy hoạch theo quan điểm duy trì và cải tạo các luồng tuyến giao thông thủy hiện có, đồng thời tìm kiếm những luồng tuyến mới có khả năng khai thác vận tải thủy.

Các tuyến đường thủy nội địa địa phương khu vực TP.HCM sau khi quy hoạch gồm 87 tuyến với tổng chiều dài là 574,1 km; 02 tuyến đường sông chuyên dùng với tổng chiều dài 2,6km; 16 tuyến đường thủy nội địa quốc gia trên địa bàn thành phố với chiều dài 252 km; và 07 tuyến  hàng hải trên địa bàn thành phố với tổng chiều dài 146,8km. Các tuyến đường thủy nội địa địa phương kết hợp với các tuyến đường sông chuyên dùng, các tuyến đường thủy quốc gia, các tuyến hàng hải trên địa bàn thành phố hình thành mạng lưới vận tải thủy liên kết giữa các khu vực của TP.HCM và giữa Tp.HCM với các tỉnh lân cận.

Hoàn thành di dời giải tỏa cư dân ven kênh và xây dựng kè chỉnh trang Kênh Tẻ (quận 4 – quận 7) trong giai đoạn 2010-2020. Cải tạo, bố trí lại khu bến Bạch Đằng với chức năng du lịch thực hiện trong giai đoạn 2009-2010. Xây dựng bến tài khác quốc tế 50.000GRT tại khu vực công viên Phú Thuận (mũi Đèn Đỏ). Triển khai xây dựng cảng sông mới Nhơn Đức, Dự án xây dựng mạng lưới các bến khách tại các trục kênh Tàu Hủ, kênh Tẻ - kênh Đôi và sông Sài Gòn. Đầu tư hệ thống bến khách ngang sông trên toàn địa bàn TP.HCM.

Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 10 ngày kể từ ngày ký; và thay thế Quyết định số 2571/QĐ-UB ngày 03/05/2001 của UBND thành phố về duyệt Quy hoạch phát triển mạng lưới giao thông đường thủy và cảng, bến khu vực TP.HCM.

C.H