Về sông ngòi, Thành phố Hồ Chí Minh có sông chính là sông Sài Gòn, xưa gọi là sông Bình Giang, vì chảy qua phủ Tân Bình cũ, tục danh gọi là sông Bến Nghé), Nguồn nước sông do từ hỗ Dâu Tiếng chảy xuống, qua huyện Củ Chi, huyện Hóc Môn, Quận 12, quận Bình Thạnh, Quận 1, Quận 7 đến ngã ba Nhà Bè hợp với sông Đồng Nai tên chữ là sông Phước Giang thành một dòng gọi là sông Nhà Bè, đến ngã ba Bình Phước (Bình Giang và Phước Giang) chia thành hai ngả, ngả phía Bắc gọi là sông Lòng Tàu, rồi sông Ngã Bảy chảy ra cửa Cần Giờ, ngả phía Nam gọi là sông Nhà Bè, rồi sông Soài Rạp chảy ra cửa Soài Rạp. Lòng sông Sài Gòn sâu và rộng, tàu thủy cỡ lớn lưu thông được. Trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh, sông Sài Gòn có các chi nhánh phía hữu ngạn là rạch Láng Thẻ ở huyện Củ Chi, rạch Thị Nghè xưa gọi là sông Bình Trị, vì chảy qua tổng Bình Trị ở quận Bình Thạnh, rạch Tàu Hũ xưa gọi là sông Bình Dương vì chảy qua huyện Bình Dương ở Quận 1 và Quận 4. Các sông ngắn có sông An Thông là thượng nguồn của rạch Bến Nghé.
Kinh thì có kinh An Hạ, kinh Bà Lát, kinh Bà Tà trên địa bàn huyện Bình Chánh và huyện Hóc Môn, kinh An Thông, kinh Mã Trường (Ruột Ngựa), kinh Tê ở Quận 4 và Quận 7, kinh Đôi ở Quận 1 và Quận 8, kinh Đông ở huyện Củ Chi, kinh Bao Ngạn ở các quận 5, 11, Tân Bình, kinh Tân Hóa ở các quận 6, 11, Tân Bình...
Còn rạch thì trên địa bàn Thành phố nhiều không kể xiết. Đáng chú ý có rạch Bà Đô ở Quận 5, rạch Lò Gốm, rạch Ông Buông, rạch Bến Trâu đều ở Quận 6, rạch Bàu Đồn ở Quận 4, rạch Bà Lào ở Quận 8, rạch Bà Ký ở Quận 9, rạch Bà Tàng ở huyện Bình Chánh, rạch Bến Cát, rạch Lăng, rạch Cầu Sơn, rạch Cầu Bông đều ở quận Bình Thạnh, rạch Bến Đá ở huyện Hóc Môn, rạch Bến Mương ở huyện Củ Chi, rạch Ông Lớn, rạch Ông Nhỏ ở Quận 8...
Về thủy triều trên địa bàn Thành phố, cách đây trên 170 năm, Trịnh Hoài Đức cũng đã mô tả tương tự. Ngày nay chúng ta gọi chung con nước lên xuống hằng ngày là thủy triều. Xưa kia được phân biệt: con nước buổi sáng gọi là triều, con nước buổi chiều gọi là tịch. Khi nước lên thì có gió, khi nước xuống thì gió lặng. Sau ngày sóc (mồng 1 âm lịch) và ngày vọng (rằm âm lịch) hai ba ngày con nước bắt đầu lên, gió cũng thổi mạnh. Sau ngày thượng huyền (ngày 8 và 9 âm lịch) và hạ huyền (ngày 22 và 23 âm lịch) hai ba ngày con nước bắt đầu rút xuống thì gió cũng nhỏ dân. 
Thủy triều ở Gia Định khác hơn các nơi khác ở chỗ mỗi tháng không có triều tịch. Mùa đông thì đến ba bốn ngày không có. Tháng 8 tháng 9 âm lịch, thủy triều lớn khác thường. Tiết hạ chí lớn ban ngày. Tiết đông chỉ lớn ban đêm. Ngày 25, 26 âm lịch nước bắt đầu lên, đến mồng 1 đã mạnh, qua mống 3 lại mạnh hơn nữa, rồi sau lần lấn nhỏ đi. Đến ngày 11, 12 âm lịch nước lại lên, đến ngày rằm đã mạnh, qua ngày 18 lại mạnh hơn nữa. Sau đó nhỏ dần. Ngư phủ thường xem con nước lên hay ròng mà đánh cá.
Nguồn: Nghị quyết số 31-NQ/TW ngày 30/12/2022 của Bộ Chính trị về phương hướng, nhiệm vụ phát triển Thành phố Hồ Chí Minh đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045; Gia Định – Sài Gòn – Thành phố Hồ Chí Minh Dặm dài lịch sử, 2 tập, NXB Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh, 2022.