Thành phố Hồ Chí Minh cũng như Đồng bằng sông Cửu Long nằm trong vùng nhiệt đới, gần đường xích đạo, nhưng lại sát Thái Bình Dương, nên có khí hậu đặc biệt. Mỗi năm chỉ có hai mùa: mùa khô và mùa mưa, chịu ảnh hưởng của gió mùa. Nhiệt độ trung bình trong năm là 27,3°C, với biên độ 30,8°C, ẩm độ 78,3%. Mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11. Lượng mưa trong mùa này có tổng số 1.800mm, chiếm 93% vũ lượng cả năm. Vũ lượng hàng tháng tối đa là 333mm (tháng 9), trung bình là 257,1mm, tối thiểu là 117mm (tháng 11). Mưa ở Thành phố Hồ Chí Minh cũng khá đặc biệt. Phần lớn các trận mưa xảy ra khoảng thời gian từ 13 giờ trở đi. Mùa khô từ tháng 12 đến tháng 4 dương lịch. Những tháng khô nhất là tháng 1, 2, 3 dương lịch vào dịp Tết Nguyên đán. Trong mùa này trung bình chỉ có một hai ngày mưa với vũ lượng dưới 15mm. Ấm độ trong các tháng này đều dưới 75%.
Gió tại Thành phố Hồ Chí Minh có nhiều hướng tùy theo mùa. Trong mùa mưa từ tháng 6 đến tháng 9 có gió hướng Tây Nam. Mùa khô từ tháng 1 đến tháng 4, gió có hướng Đông Nam. Gió này thưởng thối mạnh vào buổi chiếu, vì gió từ biến vào mà người địa phương gọi là gió chướng. Trong tháng 11, 12 dương lịch có gió Bắc, thối từ vùng Hạ Lào xuống. Tại thành phố Sài Gòn, nay là Thành phố Hồ Chí Minh hầu như không có bão. Hằng năm chỉ chịu ảnh hưởng các cơn bão đi vào các tỉnh miền Trung. Lúc đó có gió mạnh cấp 4 cấp 5 và có mưa to. 
Thành phố Hồ Chí Minh giáp biến, nên chịu ảnh hưởng của thủy triều. Mức nước triều trung bình là 0,17m, cao nhất là 1,1m2). Vì mặt bằng phía Đông và Đông Nam thấp (0,5 - 1m) nên sông rạch Thành phố bị nhiễm mặn khá nặng, không sử dụng trong sinh hoạt được. Nếu đào giếng thì nước giếng cũng nhiễm phèn cao. Về mùa khô, khi thủy triều lên cao, nước sông Sài Gòn bị nhiễm mặn lên đến vùng Hóc Môn, Củ Chi. Đặc biệt, Thành phố chịu ảnh hưởng của chế độ triều nửa ngày, mỗi ngày có hai lần triều lên xuống. 
 
Nguồn: Nghị quyết số 31-NQ/TW ngày 30/12/2022 của Bộ Chính trị về phương hướng, nhiệm vụ phát triển Thành phố Hồ Chí Minh đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045; Gia Định – Sài Gòn – Thành phố Hồ Chí Minh Dặm dài lịch sử, 2 tập, NXB Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh, 2022.